Стојковиќ фудбалската кариера ја започнува во неговиот матичен клуб Дубочица од Лесковац(Србија), од каде фудбалскиот пат го води преку соседниот Вучје во Победа, каде доаѓа 1994 година. За време на 6-годишниот престој со својата пожртвуваност и бескомпромисната игра на стоперската позиција  ги освои симпатиите на љубителите на фудбалот. Одличните игри во зимата 2000-тта година му обезбедија трансфер во познатиот руски клуб Анжи Махачкала каде за 6 сезони (3 во Првата а 3 во Втората лига на Русија) остави голем белег и е меѓу најистакнатите странци во клупската историја. За тоа колку беше ценет зборува податокот дека стана првиот странец капитен на еден руски клуб, а пред некоја година клубот за неговите заслуги постави ѕвезда со неговото име во Махачкала.  Стојковиќ се враќа во Победа во 2005-таа а во црвено-белиот дрес ја завршува играчката кариера во 2009-тта година .